El 29 de junio de 2021 se aprobó la “Resolución del Consejo Rector del CSIC por la que se aprueba la estructura básica y funcionamiento de los centros nacionales y de la organización central del CSIC”, en la que se establece una estructura organizativa transitoria del IGME constituida por:

• Dirección: Dª. Ana María Alonso Zarza
• Vicedirección Científica: D. José Antonio Fernández Merodo
• Vicedirección Técnica: Dª. María Teresa López López

Igualmente, en virtud de lo previsto en el apartado Primero.2 de la citada Resolución, con fecha 24 de octubre de 2021 la presidencia del CSIC estableció en el IGME una estructura departamental interna formada por 4 departamentos.

Asimismo, el IGME cuenta con el Servicio Geológico Nacional. La coordinación de dicho servicio recae en la persona de D. José Luis García Lobón.

Además, ubicadas fuera de Madrid, el IGME dispone de 12 unidades territoriales, una litoteca de sondeos en Peñarroya–Pueblonuevo (Córdoba) y la Estación Paleontológica valle del río Fardes (Fonelas, Granada).